เทคโนโลยีชีวภาพที่มีการใช้เพื่อการเกษตรมีหลากหลายชนิดที่เกิดขึ้น เช่น การพัฒนาพันธุ์พืชให้มีความต้านทานต่อศัตรูพืช โรคพืช การเพิ่มความทนทานของพืชต่อสภาพแวดล้อมที่ไม่เหมาะสมของภูมิประเทศ เช่นความแห้งแล้ง อุทกภัย การพัฒนาผลไม้ให้สุกงอมช้ากว่าปกติเพื่อลดความเสียหายในระหว่างการขนส่ง การเพิ่มผลผลิตพืชโดยไม่ต้องขยายพื้นที่เพาะปลูก การเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อเพื่อใช้ในการขยายพันธุ์พืชให้ได้จำนวนมากในเวลาอันรวดเร็ว การผลิตท่อนพันธุ์พืชที่ปราศจากโรคเพื่อการลดความเสี่ยงต่อการแพร่ระบาดของโรค การเลี้ยงเนื้อเยื่อเพื่อการขยายพันธุ์กล้วยไม้ การปรับปรุงพันธุ์ไม้ดอกเพื่อให้มีอายุการปักแชกันให้ยาวนานขึ้นและมีกลิ่นหอม การปรับปรุงพันธุ์สัตว์ให้มีลักษณะที่ดี การขยายพันธุ์โคนมที่ให้น้ำนมสูงโดยการปฏิสนธิในหลอดแก้ว และการย้ายฝากตัวอ่อน การพัฒนาชุดตรวจวินิจฉัยโรคในกุ้งเพื่อควบคุมการแพร่ระบาดของโรค การนำจุลินทรีย์มาเปลี่ยนวัตถุดิบด้านการเกษตรที่มีราคาถูกเป็นพลังงานทดแทน การใช้เทคโนโลยีดีเอ็นเอตรวจสอบพันธุ์พืชและสัตว์เศรษฐกิจ เป็นต้น นอกจากนี้สำหรับการเกษตรด้านที่มีการกล่าวถึงความสัมพันธ์กับสภาพแวดล้อมได้มีการนำเอาจุลินทรีย์เข้ามามีส่วนร่วมในการผลิตปุ๋ยชีวภาพเพื่อทดแทนการใช้ปุ๋ยเคมี การลดการใช้สารเคมีในการป้องกันกำจัดศัตรูพืชโดยการพัฒนาพันธุ์พืชที่มีความต้านทานต่อโรคและแมลงศัตรูพืช หรือกระทั่งการใช้เชื้อจุลินทรีย์มาใช้สำหรับการกำจัดแมลงศัตรูพืช เช่นแบคทีเรียบีที หรือไวรัสเอ็นพีวี
การเกษตรที่อาศัยความรู้ทางด้านเทคโนโลยีชีวภาพในการปรับปรุงพันธุ์หรือการพัฒนาพันธุ์ให้มีคุณสมบัติตามต้องการ สามารถทนต่อดินฟ้าอากาศได้ดีขึ้น ต้านทานโรคและแมลงศัตรูพืชได้ดีขึ้น หรือมีคุณค่างทางโภชนาการมากขึ้น ทุกขั้นตอนในการศึกษาจะต้องสามารถอ้างอิงได้ตามมาตรฐานสากล และมีระบบการดูแลอย่างใกล้ชิด และเมื่อมีข้อสรุปได้ว่าสิ่งที่ทดลองนั้นมีความปลอดภัยเท่ากับพืชเปรียบเทียบต่อสิ่งมีชีวิต คน และสิ่งแวดล้อม จึงจะได้รับการอนุมัติให้ดำเนินการในเชิงพาณิชย์ได้ เช่นกรณีไวรัสใบด่างของมะละกอซึ่งมีแมลงหวี่ขาวเป็นพาหะ อันส่งผลให้ผลผลิตลดลงอย่างมากไม่เพียงพอต่อความต้องการบริโภค จึงมีการใช้ความรู้ทางเทคโนโลยีชีวภาพทางด้านพันธุวิศวกรรมเพื่อการดัดแปรมะละกอให้มีความต้านทานต่อโรคไวรัส แต่อย่างไรก็ตาม ยังไม่มีข้อยุติในเรื่องที่ว่ามะละกอพันธุ์ที่ต้านทานต่อโรคไวรัสนั้นจะมีผลกระทบต่อคน สัตว์ และสิ่งแวดล้อม อย่างไรหรือไม่ ซึ่งไม่สามารถได้ข้อสรุปมาเนื่องจากไม่สามารถดำเนินการในขั้นตอนของการทดสอบในสภาพปลูกจริงได้ เนื่องจากความเห็นที่ขัดแย้งกันระหว่างกลุ่มผู้ปฏิบัติงานกับกลุ่มที่ไม่เห็นด้วยกับเทคโนโลยีชีวภาพ